ליווי כל תלמיד במסעו לפיתוח האישיות המיוחדת לו, ע"י אמון ביכולותיו ובנית מסגרת ברורה. במקביל, דרישה מהתלמיד לעמוד ביעדים בכל התחומים.

בישיבת אלוני הבשן מאמינים בכל תלמיד וביכולתו להגיע לתעודת בגרות בקצב שלו, ויודעים ליצור את האקלים שמאפשר להגיע למטרה זו.
הכיתות בישיבה קטנות ומאפשרות היכרות מעמיקה ויחס אישי לכל תלמיד.
במקביל, פועל מרכז למידה בו לומדים בקבוצות קטנות בהנחיית מורות להוראה מתוקנת ובסיוע בנות שירות.
מרכז הלמידה עובד בתיאום עם צוות המחנכים והמורים.
כחלק בלתי נפרד מיום הלימודים משולבים תחומי עיסוק/עניין נוספים, כגון: אומנות, סיירות, רפואה סינית, רכיבת שטח וכד', העיסוק בתחומים אלה תורם לפיתוח אישיות התלמיד בהיבטים שאינם לימודיים רגילים/עיוניים ובחוזקות השונות שיש בכל אחד ואחד.

הפניימיה באלוני הבשן היא עמוד השדרה של הישיבה, פנימייה מתפקדת היא פנימייה שיוצרת בתוכה תרבות חינוכית של עשייה, התנדבות, עזרה הדדית וחברות. פניימיה ששומרת על מסגרת של זמניים וגבולות ומשמעת אשר ייצרו אקלים חינוכי ובטוח בישיבה כולה.
במסגרת הפנימייה מתקיימים חוגים שונים (חדר כושר, מוזיקה,אומנות, הכנה לצה"ל אימון אישי ועוד), פעילויות מדריך, ערבי הווי ושבתות ישיבה.
יאנוש קורצ'ק אמר "הדואג לימים זורע חיטים, הדואג לשנים נוטע עצים, הדואג לדורות מחנך אנשים."