תכנית השילוב הינה מסלול בן חמש שנים המאפשר שילוב בין לימוד מעמיק ומקיף של נושאים תורניים הלכתיים, מורחבים ומורכבים לבין שירות צבאי מלא המאפשר שיבוץ ביחידות המובחרות בצה"ל.
לאחר שנת לימודים בישיבה מתגייסים רוב התלמידים לשירות פעיל של שנה וחצי ומשתלבים ביחידות צה"ל השונות, רבים מהם ביחידות מובחרות ובמסלולי קצונה.
בתום תקופת השירות הפעיל הראשונה התלמידים חוזרים לשנת לימודים נוספת בישיבה, שבסיומה משלימים את תקופת שירותם הפעיל בצה"ל.
בסך הכל- שנתיים בישיבה ושלוש שנים בצבא. לאחר השחרור מצה"ל, נפתחת בפני התלמידים אפשרות של המשך לימודים ב"כולל".
לאחרונה נפתח בישיבה מסלול 'שילוב מיוחד' המיועד לבודדים המעוניינים בכך, הכולל שירות פעיל בן שנתיים ושלוש שנים של לימוד בישיבה.
